建物の中ほどにある少し小規模な部屋。小川家の故郷・奈良を偲んで作られたもので、随所に奈良を思わせる意匠を見ることができます。床の間に描かれているのは、雲間に浮かぶ三笠山（若草山）。天袋には東大寺や春日大社の風景を描き、庭には小さな春日神社。ひょうたんのような形をした下地窓も、猿沢池を模しているといわれ、まさに奈良尽くしの部屋となっています。
襖には和歌を記した扇面があしらわれ、欄間には古来幸福の象徴といわれていた蝙蝠（こうもり）の姿が見えます。一族のルーツに思いを馳せつつ、家の幸福とちょっとした遊び心を感じさせてくれる空間です。
この部屋は、隣接する茶室（皆如庵）の待合としての役割も持っており、面する庭から石橋を渡り、茶室の入口へ向かうことができるようになっています。

★庭には長方形の大きな井戸が備えられていますが、これは茶席用の水を確保すると同時に、火災時には貴重品を唐櫃（からびつ）ごと井戸に沈めて保護できるようにした防災設備でもあるそう。このほか、二條陣屋のあちこちには十数個の井戸が備えられており、水道のように何処からでも水をくみ上げられるようになっていたそうです。京都は非常に火事が多い街だったため、二條陣屋でもこのような火災対策が大変重要視されていました。

二條陣屋では、一階から二階へ続く釣り階段があり、普段は天井に収納されています。収納状態はまるで戸棚のよう。近くに茶室用の水屋があるので、茶壺を収めておく棚に見せかけられるというわけです。もし敵が入ってきても見つかりにくくするための工夫のひとつです。

二條陣屋の２階にある「赤壁の間」は、その名のとおり鮮やかな赤色の壁が特徴的な部屋。こちらも家臣用の控え室として使われていました。昔からこの名前で呼ばれていたそうですが、以前は普通の白壁になっていました。しかし、平成21年の解体修復時に時代ごとに塗り重ねされた壁土が見つかり、ここで嘉永年間は紅柄を含む赤い壁土が使われていることがわかりました。そこで部屋の名前にあわせ、当時の色合いで復元されました。
隣の部屋と繋がる襖も大変ユニークな作品で、江戸から九州（長崎）の東海道沿いにあった各宿場町の姿が描かれています。これは二條陣屋の主な宿泊客が西国（西日本）の人々だったからでしょう。よく見ると地名もきちんとかかれているので、ついじっと拝見してしまいます。
なお、この部屋から大広間上の武者隠に出入りすることができるようになっていました。

棟から突き出すように作られた茶室。ちょうど昔は部屋の下を小川が流れていたため、部屋が舟に見立てられ、天井も屋形船を思わせる意匠となっています。
かつて襖に蘇鉄が描かれていたことから「蘇鉄の間」とも呼ばれていたそうです。また、小川の水を茶室へ引き込めるよう、真下の庭には川の水を引き込むための井戸が、屋根には桶を引き上げる滑車が取り付けられていました。その跡が現在も残されています。

元々襖には蘇鉄が描かれていたことから「蘇鉄の間」とも呼ばれていたそう。現在の襖は修復時に現代の画家によって新たに描かれたもの。

一段床が高くなっている茶室。屋根上への非常口にもなっていたとか。

２階には隠し階段も備えられています。２階側には階段を隠す引き戸がついており、この戸の下に身を隠すことで敵をやり過ごすこともできました。この他にも、部屋の各所には身を隠せる部屋や緊急脱出口が、一見わからないような場所に多数設けられています。

京都は江戸時代から幕末にかけて何度も大火に遭い、江戸時代に立てられた民家も現在ではあまり数は残っていません。そのなかで、現在まで江戸初期～中期の建物の姿を留めてきた二條陣屋は、当時の人々の暮らしや考え方を今に伝える、時代の生き証人といえます。
江戸時代は官庁街だった二條陣屋の周囲はすっかり閑静な住宅街となり、年月を経て確実に変化はあります。しかし、敷地に一歩入るとそこは江戸時代の京都の空気を確実に今に伝えてくれています。かつては限られた人だけが堪能できた豪華な歴史的建造物、タイムスリップする感覚で足を運んでみてはいかがでしょうか。